Desde o período Fenício, Castro Marim, uma península banhada pelas águas do Guadiana, servia de porto de abrigo aos barcos que subiam o rio para recolher o minério extraído das minas de Alcoutim e Mértola. Ao porto comercial de Baesuris, hoje Castro Marim, chegavam produtos do Mediterrâneo que depois eram comercializados pelo restante território, numa dinâmica que se manteve durante a ocupação romana.

Após a Conquista do Algarve aos mouros, por D. Paio Peres Correia, D. Afonso III ordenou o repovoamento de Castro Marim, em 1272, para lhe conceder, logo em 1277, carta de foral, com o intuito de atrair população para esta localidade de grande importância estratégica. O Castelo Velho, construído em 1274, no reinado de D. Dinis, com a construção da cerca medieval, que protegia o casario exterior, em 1279, tornou-se um dos mais importantes do Algarve e serviu de sede da Ordem de Cristo entre 1319 e 1356. Foi elevado a Monumento Nacional, em 1910.

Com a chegada do século XV, e com a expansão marítima, Castro Marim recebe o estatuto de Couto de Homiziados, terra de desterro para criminosos, atribuído pelo rei D. João I com o objetivo de aumentar a sua população, tal como noutras povoações do Reino. Em 1504, D. Manuel I atribuiu novo Foral, reforçando os direitos e deveres da Vila e ordenou a remodelação do castelo tardo-medieval, com obras de adaptação ao uso de artilharia. Após a Restauração, em 1640, a localização estratégica de Castro Marim voltou a ser decisiva para a coroa, dando-se início à construção do Forte de São Sebastião – Monumento Nacional desde 2012 – e do Revelim de Santo António, este último com o intuito de controlar a navegação no Rio. A partir do final do conflito ibérico, em 1668, a praça-forte de Castro Marim tornou-se a mais importante do Algarve.